一是认证不规范。不同的机构执行标准的差异性很大，使有机食品面临诚信挑战。
二是技术研究滞后。有机农业需要一整套不同于常规农业的技术措施作为保障。从常规农业向有机农业转换，面临着病虫草害防治、土壤培肥、品种选育、产品质量及生产效益等诸多难题。目前市场上高质量的商品有机肥价格高，生产者负担过重。
三是政府扶持不够。目前，国家的保护价收购，对于有机粮食作物没有特殊的扶持措施。由于有机粮食生产要求比较高，相对产量较低，且投入相对较高。好粮卖不出好价钱，导致农户的生产积极性不高。
为推动我国有机农业更好地发展，应采取多种积极有效的措施。首先，加大对有机粮食生产技术的推广和应用。加大对测土施肥新技术的补贴力度。加强对有机肥生产企业的监管，生产出更多有机肥料。鼓励农民增施有机肥，不断减少化肥、农药的施用量，加快有机食品、绿色食品基地建设，加强有机农产品产地经销精细化管理，加快推进有机农业、绿色农业发展，努力打造有机农业品牌，推进农业产业升级。
其次，加快建立统一的具有国家资质的检测机构，加强投入品监管，打击假冒伪劣行为，维护有机食品产业品牌信誉。健全生产可记录、信息可查询、流向可跟踪、责任可追溯的食品安全体系。
再次，加大对有机食品生产、加工和销售等环节的监管力度，对乱用肥料、农药等农业投入品生产以及乱用非有机食品配料加工的行为，执法机关应予以严厉打击。
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