发酵饲料的原料种类多种多样，大多为工农业生产活动的附属物或废弃物。如造酒、糖、味精、纸、石油等产生的废水；加工酱油、淀粉、糖蜜、甲醇、醋酸等富含有机物的工业废渣；木薯、玉米秸秆、豇豆藤、花生茎、山药皮、橘皮、豆荚、米糠、木屑等纤维素类物质；菜籽、棉籽饼粕、芝麻饼等蛋白质的下脚料及屠宰厂废弃的毛、血、骨、蹄、壳、皮等；养殖场的畜禽粪便甚至包括城市生活垃圾等。这些原料价格低廉，利用率低，处理不当甚至造成环境污染。通过金宝贝微生物发酵，将生产、废弃物综合利用和环境保护三者有机地结合起来，不但可弥补我国饲料原料的不足并提高其原料的利用率，还解决了人畜争粮问题。教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心副研究员蔡皓等利用乳酸菌、芽孢菌、酵母菌等组成的微生态制剂对血粉、皮革粉、芝麻粕、籽粕、角粒粉、玉米粉等废弃蛋白原料进行混合固态发酵，结果蛋白质消化率由发酵前的75.9%提高到发酵后的91.2%。
原料配制
1.水分。任何生物活动都是离不开水的参与，微生物发酵也是一样。不同发酵饲料原料含水量和最佳发酵需水量都有所不同。如含水量高的青饲料青贮发酵前先晾晒两小时或加入辅料，而含水量低的鸡粪等原料则要增加其水分含量，一般含水量在40%～80%都可以进行发酵。简单判断含水量的标准是：用手用力捏一把物料，会有水从手指缝中印出来，但不滴出来为度。
2.能量蛋白均衡（配合发酵）。杂粕菜饼、棉粕、花生饼、芝麻饼、葵籽饼等含蛋白量较高，碳氮比都较小；而秸秆、杂草等粗料碳氮比较高，考虑到微生物发酵的能量与蛋白的平衡，即碳氮比一般在25:1，所以各种原料在发酵前若碳氮比例不平衡一定要配合其他原料进行发酵。
3.钙磷。钙磷对于饲料发酵具有重要的促进作用，不仅可以提高发酵质量，还能有效促进发酵饲料营养的吸收等。由于薯类作物块根和薯渣、米饭潲水及淀粉下脚料钙磷含量少，所以需要加入过磷酸钙（即磷肥）或磷酸氢钙来促进发酵，但对绝大多数原料来说发酵时并不需要添加钙磷。
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